Πλένετε και στραγγίζετε τις φέτες του ψαριού, τις αλατοπιπερώνετε, τις πασπαλίζετε με θυμάρι και τις ξανθαίνετε με το μισό λάδι στην κατσαρόλα. Ψήνετε τις πιπεριές κάτω από το γκριλ ολόκληρες για 20 λεπτά, τις ξεφλουδίζετε και τις κόβετε σε κυβάκια. Με το υπόλοιπο λάδι μαραίνετε σε άλλη κατσαρόλα το κρεμμύδι.
Προσθέτετε τις ντομάτες, το σκόρδο, τις ελιές, το θυμάρι, τη δάφνη και το μαϊντανό. Σκεπάζετε την κατσαρόλα κι αφήνετε τη σάλτσα να σιγοβράζει για 20 λεπτά προσθέτοντας στο τέλος και τις πιπεριές. Προσθέτετε μετά τον μπακαλιάρο καθώς κι ένα ποτήρι νερό κι αφήνετε να σιγοβράσουν όλα μαζί για άλλα 20 λεπτά σε χαμηλή φωτιά.
Σερβίρετε τον μπακαλιάρο γαρνίροντάς τον με το μαϊντανό.